Sejarah Singkat

Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Mempawah Semula bernama MTs Negeri Siantan yang merupakan salah satu Lembaga Pendidikan dibawah naungan Departemen Agama ( sekarang Kementerian Agama),yang berada di Kabupaten Pontianak (sekarang Kabupaten Mempawah) yang dinegerikan pada tahun 1995 sesuai KMA 515 A.

Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Mempawah semula berkedudukan di Jungkat karena Lokasi Madrasah yang tidak mendukung untuk Kegiatan Pembelajaran dan Pengurus Yayasan Madrasah Tsanawiyah Al Jamiatul Islamiyah Wajok Hilir menyerahkan Madrasah Tsanawiyah tersebut kepada Kantor departemen Agama Kabupaten Pontianak serta disetujui oleh Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Kalimantan Barat pada tahun 1999.

Madrasah Tsanawiyah Negeri Siantan (sekarang MTsN 3 Mempawah) dibangun pada tahun 2000 dan dipindahkan ke Jalan Raya Km. 15 Wajok Hilir Kecamatan Siantan pada tahun 2002 dengan Berita Acara No : Wn/I-a/ KU.00.02/118/2001.

Kemudian di tanggal 27 Februari tahun 2018 berubah nama menjadi MTs Negeri 3 Mempawah dengan SK No. 1143/Kw.4.2.5/PP.01.1/02/2018.